De investeringsomvang van het Programma ED2050 is ongeveer € 80 miljoen voor de periode 2016 tot en met 2021. Dit bedrag is als volgt opgebouwd:
De financiering wordt gedragen door: de provincie Groningen, Rijkswaterstaat, de ministeries van Infrastructuur en Waterstaat en van Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit, de waterschappen Hunze en Aa’s en Noorderzijlvest, het bedrijfsleven in de Eemsdelta en de natuur- en milieuorganisaties in de provincie Groningen.
Het programma wordt gesubsidieerd door het Waddenfonds, het Hoogwaterbeschermings-programma, POP 3 en het Europese programma LIFE-IP Nature.