De financiering van het programma Eems-Dollard 2050 bestaat uit programmakosten en projectkosten. De programmakosten worden betaald door de provincie Groningen, de ministeries van Infrastructuur en Waterstaat en van Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit en Rijkswaterstaat Noord.
De kosten voor de uitvoering van projecten worden gedragen door de deelnemende organisaties. Daarnaast zijn subsidies beschikbaar van onder meer Waddenfonds, Investeringskader Waddengebied, Hoogwaterbeschermingsprogramma, Programmatische Aanpak Grote Wateren, Nationaal Programma Groningen, Life-IP Deltanatuur en Interbestuurlijk Programma Vitaal Platteland.