De uitvoering van het programma Eems-Dollard 2050 vraagt intensieve samenwerking tussen allerlei partijen. In de regio, landelijk en in Duitsland. We gebruiken daarbij de bestaande netwerken en zetten mensen in die ook via andere trajecten werken aan een gezond en veerkrachtig Eems-Dollard estuarium.
Voor het meerjarig programma Eems-Dollard 2050 zijn Rijk en regio gezamenlijk verantwoordelijk. De inhoudelijke aansturing van het programma is belegd bij de Stuurgroep Economie en Ecologie in balans (E&E). De stuurgroep E&E stuurt het programma op hoofdlijnen aan. Daarbij gaat het om onder meer het gezamenlijke streefbeeld, de programmadoelen, uitvoeringsstrategie, financiering en mijlpalen. De deelnemers aan de Stuurgroep E&E zijn:
Uit de Stuurgroep E&E is een opdrachtgeversoverleg gevormd. Dit collectief is verantwoordelijk voor de procesmatige aansturing van het programma.
Een programmabureau coördineert de uitvoering van het programma en bewaakt de samenhang tussen de activiteiten. Het programmabureau bestaat uit een programmamanager, strategietrekkers en ondersteuning. Het programmabureau helpt projecten uitvoerbaar te krijgen, formuleert overkoepelende kennisvragen, initieert nieuwe projecten met partners, rapporteert over de voortgang van het programma en brengt nieuwe kennis in. Daarnaast is het programmabureau verantwoordelijk voor de communicatie over het totale programma.